בתחילת פרשת "אחרי מות" מובא סדר עבודת המקדש ביום הכיפורים. יום קדוש ומיוחד זה מאופיין במספר דברים בלעדיים השונים מעבודת המקדש במשך כל ימות השנה.
הכהן הגדול – העבודה נעשית אישית ע"י הכהן הגדול לעומת העבודה היום יומית במקדש הנעשית ע"י כהנים המחולקים למשמרות וכל אחד עובד בזמן הקבוע לו מראש.
בגדים מיוחדים – שתי מערכות בגדים היו לכהן הגדול: בגדי זהב ובגדי לבן. כאשר היה נכנס פנימה לקודש-הקודשים היה משתמש רק בבגדים הלבנים. הסיבה לכך: "אין קטגור נעשה סנגור"! היות ומטרת עבודתו של הכהן הגדול ביום זה היא לכפר על עוונות עם ישראל ולסנגר עליהם אינו נכנס בבגדי זהב המזכירים את חטא העגל שהיה עשוי מזהב.
הקטורת – מלבד הקטרת הקטורת (סמי בושם וריח) בהיכל המקדש בכל יום היה הכהן כותש היטב את סממני הקטורת ומקטירם בקודש-הקודשים.
שני השעירים – הכהן לוקח שני שעירי עיזים. את האחד הוא שוחט ומקריב לחטאת לכפרה על חטאי בני-ישראל ועל השני סומך הכהן את ידיו ומתוודה על עוונות העם. אחר-כך מוליכים את השעיר הנשא את העוונות ל"עזאזל" – מקום הררי, שם משליכים אותו מראש הצוק.
ביום הכיפורים ישנו איסור אכילה ושתייה והשבתת כל מלאכה, יחודו מתבטא גם בשמו המקראי – "שבת שבתון".
בית-המקדש הוא המקום היחיד המיועד להקרבת קורבנות, ולכן מי שמקריב בכל מקום אחר מתחייב בנפשו. הקדוש-ברוך-הוא התיר לנו לשחוט בעלי-חיים לדברים שיש לנו מהם תועלת ולכן סתם להמיתם זוהי השחתה, המקריב נקרא שופך דמים ועונשו בכרת.
דם החיה או הבהמה אסור באכילה כי "הדם הוא הנפש" ולכן יש לכסות דם חיה ועוף לאחר השחיטה.
נבילה – שנמצא פסול בשחיטתה או טריפה שנמצא בה מום מסוים לאחר השחיטה גם הן אסורות באכילה.
בסיום הפרשה מובא איסור גילוי עריות – שאיש איש אל כל שאר בשרו לא תקרבו לגלות ערווה". דינים אלו מטרתם לשמור על טהר החיים ולהבדיל אותנו משאר האומות שמעשיהן מקולקלים.
