"וספרתם לכם ממחרת השבת, מיום הביאכם את עומר התנופה, שבע שבתות תמימות תהיינה, עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום" (ויקרא כג, ט"ו).
בזמן שבית המקדש היה עומד על תילו בכל תפארתו, נערך בליל ט"ז ניסן – שעה שהיהודים בגלויות חוגגים את הסדר השני – מעמד חשוב, הלא הוא קצירת העומר. זוהי מצות-עשה בפרשת "אמור": "כי תבואו אל הארץ אשר אני נותן לכם וקצרתם את קצירה והבאתם את עומר ראשית קצירכם אל הכהן". בארץ ישראל הייתה השעורה מתחילה להבשיל בחודש ניסן. אולם איש לא היה רשאי להתחיל בקציר התבואה, עד שבית הדין בירושלים. יחד עם טובי העיר, היו פותחים את הקציר בטקס חגיגי. בליל ט"ז ניסן היה בית הדין יורד לשדה שמאחורי העיר, כשהוא מלווה על ידי חשובי האזרחים עם מגלי יד בידיהם וקוצרים את העומר בשמחה רבה ובטקס גדול (בסוגרים נציין כאן כי העומר הוא מידה, עשירית האיפה, שהיא מידה למדידת כמויות של תבואה (כשני ליטרים)). גרעיני התבואה שנתקבלו מן הקציר היו ירוקים ולחים והיה צורך לייבשם. לשם כך היו שוטחים אותם באילפסים גדולים ומיבשים אותם באש, עד שנהיו יבשים לגמרי. לאחר מכן היו טוחנים אותם ברחיים ואת הקמח היו מנפים בכברה שלוש עשרה פעם, עד שהקמח יצא מנוקה וטהור לגמרי ואפילו פסולת כלשהי לא נמצאה בה.
מכמות הקמח שנתקבל, היו לוקחים כמות של "עומר" אחד והקריבו אותו על גבי המזבח, לאחר שהכהן הניף את העומר, תנופה לפני ה’. הנפה זו נעשתה בצורה כזו, שהכהן היה מניע בידו את העומר לכל הכיוונים וכן גם למעלה ולמטה, כמו שאנחנו מנענעים את הלולב בחג הסוכות. עצם הקרבת העומר היה בה משום תפילה והודיה לה’, על תבואת השדה וכמו כן היא באה להפגין כי ה’ יתברך הוא בעל הבית בעולם כולו. לאחר הקרבת העומר, הותר כבר לכל היהודים לאכול מהתבואה החדשה שקצרו מן השדות.
בפרשת "אמור" נאמר להלן (כפי שצוטט לעיל) כי ה’ ציוה אותנו לספור שבעה שבועות מלאים, ארבעים ותשעה יום מהיום שבו הביאו את העומר ועד יום החמישים שהוא חג השבועות.
למרות שאת העומר היו מקריבים רק "בפני הבית". כלומר רק בזמן שבית המקדש היה קיים ובימינו אין מצוות הקרבת העומר בתוקף, בכל זאת מצות ספירת העומר קיימת בכל המקומות ובכל הזמנים. משום כך אנו מתחילים בספירת העומר בליל השני של פסח ומקדימים לכך את הברכה "אשר קדשנו במצוותיו וציונו על ספירת העומר". וכך אנחנו ממשיכים לספור כל ערב עם ברכה, עד שמגיעים לחג השבועות. כמו לגבי כל מצוות עשה שהזמן גרמא, כן גם במצוות ספירת העומר, נשים פטורות ממנה. אולם אם הן רוצות, הרשות בידיהן לספור. ואכן יש נשים רבות הסופרות את העומר כמו גברים. סדר הספירה היא כזו, מיד אחר הברכה אנו אומרים: "היום יום אחד לעומר" ולמחרת : "היום שני ימים לעומר" וכן הלאה. משגמרנו שבעה ימים, אנו אומרים : "היום שבעה ימים, שהם שבוע אחד לעומר". וכך הלאה, אנו מציינים את הימים ואת השבועות, עד שמגיעים ליום האחרון, שהוא "תשעה וארבעים יום, שהם שבעה שבועות לעומר". מיד אחרי ספירת-העומר, אנו מעלים זכר בית המקדש ואומרים : "הרחמן הוא יחזיר לנו עבודת בית המקדש למקומה, במהרה בימינו אמן סלה". והואיל וספירת העומר מזכירה לנו את חורבן בית המקדש וכן בגלל סיבות אחרות, אין אנו מברכים ברכת שהחיינו בעת ספירת העומר.
לכל מצווה יש כידוע טעמים רבים מספור, כיון שכל המצוות ניתנו על ידי הבורא שהוא מבחינת "אין סוף". כמה מטעמי המצוות ופירושיהן גלויים לנו ואנו נזכיר כאן אחדים מהם כיחס למצות ספירת העומר. ימי הספירה מקשרים בין חג הפסח לבין חג השבועות, בין יציאת מצרים לבין מתן תורה. כאשר משה רבינו הביא את בשורת הגאולה אל העם, שהיה משועבד במצרים, הוא מסר להם את דבר ה’ שהגדיר את מטרת יציאת מצרים כך: "בהוציאך את העם ממצרים, תעבדון את האלוקים על ההר הזה". ולכן, מיד למחרת צאתם ממצרים, החלו היהודים לספור את הימים ואת השבועות, בחוסר סבלנות, מתוך כמיהה ליום שבו תינתן להם התורה. מאליו מובן כי באמצעות ספירה בלבד לא יכלו היהודים להגיע לאותה מדרגה נעלה, שהייתה דרושה לקבלת התורה מידי ה’. קודם לכן הם היו חייבים להשתחרר מהעבדות לא רק במובן הפיזי, אלא גם במובן הרוחני. הם היו חייבים להפטר מכל המנהגים וההרגלים הרעים, מכל הטומאות והעבודות הזרות, שדבקו בהם במשך 210 שנות גלות מצרים. בעת ובעונה אחת הם הצטרכו לעלות מעלה מעלה במדרגות הטהרה והקדושה, לזכך את מידותיהם ואת טבעם. ידוע. כי קיימות שבע מידות ("חסד, גבורה, תפארת וכו’) וכל מידה מורכבת אף היא משבע (חסד שבחסד, גבורה שבחסד וכו’) כך שביחד יש 49 מידות ובני ישראל עלו, בכל יום מימות הספירה, למדרגה גבוהה יותר, עד שבא היום ה50- והם היו במדרגת "גוי קדוש" ואז הם היו ראויים לכך שה’ ייתן להם את התורה.
כך הדבר גם אתנו וכפי שהרמב"ם ואחרים מסבירים. שכאשר אנו סופרים "ספירת העומר", מבטאים בכך את געגועינו לקבלת התורה וימי הספירה מהווים הכנה לחג של קבלת התורה. וכפי שמסביר זאת האדמו"ר הזקן, בעל התניא והשולחן ערוך, על יסוד הזוהר וספרים אחרים, שהמילים "וספרתם לכם" פירושם "תאירו לכם", ספירה מלשון אבן ספיר. לפי זה יהיה פירוש הפסוק "וספרתם לכם" תטהרו, תזדככו באמצעות הספירה.
גם בעובדה שהעומר היה משעורה והמנחה שהקריבו בשבועות – שתי הלחם – הייתה מקמח של חיטה. טמונה משמעות רבה, כפי שמסביר האדמו"ר הזקן. הרי השעורה היא מאכל בהמה, בעוד שהחיטה היא מאכל לבני אדם. פירוש הדבר הוא, כי אדם אפילו הוא נמצא במדרגה של "בהמה", היינו ללא הבנה והשגה, ללא דעת ורגש לדברים נעלים יותר, בכל זאת הוא יכול – אם הוא רק רוצה ועושה את המאמץ המתאים – להגיע לדרגה של אדם בחינת "אדם – אדמה לעליון", זאת אומרת להידמות אל הקב"ה.
לאחר כל ספירה נוהגים לומר פרק ס"ז מתהילים המתחיל במילים "למנצח בנגינות… אלקים יחננו…" וכן התפילה של רבי נחוניא "אנא בכח" ולאחר מכן "ריבונו של עולם". פרק ס"ז בתהלים מכיל 49 מילים, כנגד 49 הספירות. תפילתו של רבי נחוניא עמוקה היא ומלאת סודות. יש בה שבעה פסוקים ובכל אחד מהם שש מילים, כך שיחד עם ראשי התיבות יש גם כאן 49 מילים, כנגד 49 ספירות.
בתפילת "ריבונו של עולם" מזכירים אנו את מצוות ספירת העומר, שניתנה לנו כדי "לטהרנו מקליפותינו" ומבקשים את ה’ שבזכות ספירת העומר נוכל לתקן את אשר פגמנו בספירה האלוקית (וכאן מוסיפים כל לילה את הספירה של אותו לילה, כגו "חסד שבחסד" וכו’) ונזכה להתעלות לקדושה עליונה.
